1895年,台灣納入日本殖民統治的範圍。由於殖民地的物產將作為日本經濟發展的需要,在昆蟲學的研究領域中,除了分類學外,和樟樹、甘蔗和茶樹等經濟作物的病蟲害學也隨之發展起來,許多和昆蟲相關的研究人員,也多有農事試驗所的背景,部分研究也隨當時流行的植物病蟲害進行,其中以素木得一為此時期台灣昆蟲界的靈魂人物。除了作物相關的昆蟲之外,和熱帶、亞熱帶相關的昆蟲媒介傳染病研究,也在此時期開始發展。
1908年台灣博物館成立,1910年台灣博物學會也隨之成立,1911年學會刊物《台灣博物學會會報》正式發行,在1-99號中,昆蟲相關報告篇數約185篇,占全部篇數不到五分之一;但在100-199號中,昆蟲相關的報告達299篇,占總篇數三分之一以上。而博物館的刊物《科學の台灣》於1933年11月28日正式發行,為雙月刊,共發行54號,266篇報告,但其中與昆蟲相關的報告並不多。
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